Essaouira - früher Mogador - wurde angeblich nach dem Heiligen und Patron Sidi Magdol (Grab am Eingang zur Stadt) benannt. Abstammen könnte der Name aber auch von dem Wort Amegdol, was die Wohlbehütete bedeutet.

Bevor 1506 in Essaouira ein portugiesisches Fort errichtet wurde, brachten im 11.Jh. Karawanen, die vom Senegal und Niger kamen, Elfenbein und Goldstaub nach Essaouira. Mitunter diente Essaouira auch Piraten als Unterschlupf.

Mitte des 18. Jh. erfolgte dann die eigentliche Stadtgründung, erbaut nach Plänen des gefangenen französischen Ingenieurs Cornut während der Herrschaft von Mohammed Ben Abdallah 1785.
In der noch vollständig erhaltenen Medina verlaufen, im Gegensatz zu den anderen Städten Marokkos, die Straßen schnurgerade im rechten Winkel.

Nach der Schließung des Hafens in Agadir wurde Mogador ein wichtiger Hafen und Handelsplatz. Hier ließen sich zahlreiche jüdische Händler nieder. Mogador beherrschte im 19. Jhdt. 40% des überseeischen Handels von Marokko. Aus Timbouktou reisten Karawanen hier her und brachten Gold und Elfenbein, welches sie gegen Gold, Lederwaren, Salz und Zucker eintauschten.

Als im 20. Jh. die Franzosen Timbouktou besetzten, und dadurch der Handelsweg unterbrochen wurde, nahm die Bedeutung Essaouiras als Handelsstadt ab.